| Наименование подпрограммы | Государственный заказчик |
| 1. Энергетическая стратегия и безопасность России | Минтопэнерго России |
| 2. Экологически чистая энергетика | Миннауки России
Минатом России |
| 3. Прогрессивные технологии комплексного освоения топливно-энергетических ресурсов недр России | Миннауки России |
| 4. Нормативно-правовое регулирование в сфере энергетики | Минтопэнерго России |
| 5. Энергосбережение России | Минтопэнерго России |
| 6. Стабилизация работы нефтедобывающей промышленности и нефтегазостроительного комплекса | Минтопэнерго России |
| 7. Нефть Осетии | Минтопэнерго России |
| 8. Развитие нефтяной промышленности Кабардино-Балкарской Республики | Минтопэнерго России |
| 9. Утилизация попутного нефтяного газа | Минтопэнерго России |
| 10. Увеличение нефтеотдачи пластов | Минтопэнерго России |
| 11. Реконструкция и модернизация предприятий нефтеперерабатывающей промышленности | Минтопэнерго России |
| 12. Реконструкция и модернизация действующих систем магистральных нефте- и нефтепродуктопроводов | Минтопэнерго России |
| 13. Освоение крупных газовых месторождений полуострова Ямал и Надым-Пур-Тазовского региона Тюменской области | Минтопэнерго России |
| 14. Уголь России (реструктуризация и развитие добычи угля, углеобогащение и комплексная переработка угля) | Минтопэнерго России |
| 15. Развитие Единой электроэнергетической системы России, в том числе: | Минтопэнерго России |
| Структурная перестройка электроэнергетики | Минтопэнерго России |
| Газоэнергетика | Минтопэнерго России |
| Создание электропередачи большой пропускной способности между Сибирью и Европейской частью России | Минтопэнерго России |
| Развитие электроэнергетики энергодефицитных регионов Дальнего Востока, Калининградской области и других территорий | Минтопэнерго России
Минатом России |
| Развитие электроэнергетики Осетии | Минтопэнерго России |
| Развитие электроэнергетики Кабардино-Балкарии | Минтопэнерго России |
| 16. Безопасность АЭС | Минатом России |
| 17. Техническое перевооружение, реконструкция и строительство АЭС | Минатом России |
| 18. Топливообеспечение атомной энергетики. Развитие ядерно-энергетического топливного цикла атомных электростанций | Минатом России |
| 19. Переработка золошлаковых отходов тепловых электростанций | Минтопэнерго России |
| 20. Обеспечение населения России бытовым топливом и разработка местных топливно-энергетических ресурсов | Минтопэнерго России |
| 21. Электрификация и газификация села | Минтопэнерго России |
| 22. Межотраслевые проблемы машиностроения для топливно-энергетического комплекса | Минтопэнерго России |
| 23. Расширение использования сжиженного и сжатого природного газа в качестве моторных топлив | Минтопэнерго России |