| Подпрограммы | 2000-2004 годы - всего | 2000 год | 2001 год | 2002 год | 2003 год | 2004 год |
| Реформирование научно-производственного комплекса наукограда | 1500 | | 300 | 526 | 254 | 20 |
| Формирование инфраструктуры инновационной деятельности | 38350 | 3990 | 7590 | 9000 | 8000 | 5620 |
| Развитие производственной сферы наукограда | 85250 | | 3500 | 20000 | 20000 | 4050 |
| Социально-экономическое развитие наукограда | 1226 029 | 165 967 | 240 083 | 251 808 | 259128 | 240 995 |
| Развитие инвестиционной деятельности | 60300 | 6060 | 12060 | 12060 | 12060 | 12060 |
| Создание системы представительства интересов субъектов хозяйственной деятельности | 1500 | | 400 | 250 | 150 | 50 |
| Международное сотрудничество наукограда | 5100 | 300 | 825 | 1000 | 1000 | 975 |
| Создание единой информационной среды наукограда | 33750 | | 10800 | 4200 | 4200 | 4200 |
| Подготовка кадров | 22274 | 970 | 4620 | 3244 | 2890 | 750 |
| Система обеспечения радиационной безопасности | 21250 | | 4150 | 4150 | 4232 | 4068 |
| Прочие расходы | 8766 | | 2000 | 2422 | 2422 | 1922 |
| Итого | 1504 069 | 180787 | 303 628 | 308 660 | 314336 | 274710 |