| Секретариат руководителя прокуратуры | 1 |
| Секретариат первого заместителя руководителя прокуратуры | 2 |
| Секретариат заместителя руководителя прокуратуры | 3 |
| Секретариат заместителя руководителя прокуратуры | 4 |
| Секретариат заместителя руководителя прокуратуры | 5 |
| Секретариат заместителя руководителя прокуратуры | 11 |
| Секретариат заместителя руководителя прокуратуры | 50 |
| Секретариат заместителя руководителя прокуратуры | 51 |
| Секретариат заместителя руководителя прокуратуры | 52 |
| Управление (отдел) кадров | 6 |
| Управление (отдел) по надзору за исполнением законов и законностью правовых актов | 7 |
| Управление (отдел) по надзору за законностью постановлений судов по гражданским делам | 8 |
| Управление делопроизводства, отдел общего и особого делопроизводства | 9 |
| Управление делами, финансово-хозяйственный отдел | 10 |
| Управление по надзору за законностью судебных постановлений по уголовным делам | 12 |
| Управление (отдел) реабилитации жертв политических репрессий | 13 |
| Главная военная прокуратура | 14 |
| Управление (отдел) по надзору за расследованием преступлений органами прокуратуры Главного следственного управления | 15 |
| Управление (отдел) по надзору за следствием, дознанием и оперативно-розыскной деятельностью в органах внутренних дел Главного следственного управления | 16 |
| Управление (отдел) по надзору за законностью исполнения уголовных наказаний | 17 |
| Управление (отдел) по расследованию особо важных дел | 18 |
| Второе управление (отдел) | 19 |
| Организационно-контрольное управление (отдел) | 20 |
| Управление (отдел) по делам несовершеннолетних и молодежи | 21 |
| Управление (отдел) правового обеспечения | 22 |
| Управление (отдел) по надзору за исполнением законов на транспорте и в таможенных органах | 23 |
| Приемная | 24 |
| Отдел писем | 25 |
| Первый отдел | 26 |
| Управление (отдел) по надзору за исполнением законов о федеральной безопасности | 27 |
| Отдел криминалистики Главного следственного управления | 28 |
| Отдел по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и мобилизационной работе | 29 |
| Отдел по надзору за расследованием особо важных дел | 34 |
| Международно-правовое управление (отдел) | 35 |
| Организационно-методическое управление (отдел) Главного следственного управления | 36 |
| Управление (отдел) по надзору за исполнением налогового законодательства | 37 |
| Управление (отдел) по обеспечению участия прокуроров в арбитражном процессе | 38 |
| Отдел безопасности | 39 |
| Центр информации и общественных связей | 40 |
| Главное управление по надзору за исполнением законов о федеральной безопасности и межнациональных отношениях на Северном Кавказе | 41 |
| Полномочный представитель Генерального прокурора Российской Федерации в Федеральном Собрании | 42 |
| Старший помощник Генерального прокурора Российской Федерации - исполнительный секретарь Координационного совета Генеральных прокуроров государств - участников СНГ | 43 |