| N п/п | Наименование структурного подразделения | Должность федерального гражданского служащего | Количество штатных единиц | Категория должности | Группа должности | Регистрационный номер (код) по Реестру |
| 1. | Руководство | начальник управления | 1 | руководители | главная | 08-1-2-013 |
| заместитель начальника управления | 2 | руководители | главная | 08-1-2-020 |
| 2. | Отдел государственной политики в сфере обустройства государственной границы | заместитель начальника управления - начальник отдела | 1 | руководители | главная | 08-1-2-020 |
| 3. | Отдел программ и проектов развития в сфере обустройства государственной границы | начальник отдела в управлении | 1 | специалисты | ведущая | 08-3-3-039 |
| заместитель начальника отдела в управлении | 1 | специалисты | ведущая | 08-3-3-046 |
| 4. | Отдел анализа и развития пунктов пропуска через государственную границу и мест ее пересечения | начальник отдела в управлении | 1 | специалисты | ведущая | 08-3-3-039 |
| заместитель начальника отдела в управлении | 1 | специалисты | ведущая | 08-3-3-046 |
| 5. | Отдел международных отношений | начальник отдела в управлении | 1 | специалисты | ведущая | 08-3-3-039 |
| | | заместитель начальника отдела в управлении | 1 | специалисты | ведущая | 08-3-3-046 |