| 1 Управление | - Административно-контрольное управление |
| 2 Управление | - Управление методологии и организации регулирующей деятельности |
| 3 Управление | - Управление международного сотрудничества и взаимодействия с органами государственной власти иностранных государств и международными организациями |
| 4 Управление | - Управление финансово-хозяйственной деятельности |
| 5 Управление | - Управление кадровой политики и защиты государственной тайны |
| 6 Управление | - Управление по регулированию безопасности атомных станций |
| 7 Управление | - Управление по регулированию безопасности объектов ядерного топливного цикла, надзору за учетом и контролем ядерных материалов и радиоактивных веществ и физической защитой |
| 8 Управление | - Управление по регулированию безопасности исследовательских ядерных установок, ядерных энергетических установок судов и радиационно опасных объектов |
| 9 Управление | - Управление технического надзора |
| 10 Управление | - Управление по надзору в электроэнергетике |
| 11 Управление | - Управление по надзору за общепромышленными опасными объектами |
| 12 Управление | - Управление по надзору за взрывоопасными и химически опасными производствами и объектами |
| 13 Управление | - Управление горного надзора |
| 14 Управление | - Управление контроля и надзора в области охраны окружающей среды (государственного экологического контроля) |
| 15 Управление | - Управление государственной экологической экспертизы |
| Управления центрального аппарата Службы | - 1 - 15 Управления |
| Территориальные органы Службы | - Управления округов по технологическому и экологическому надзору, межрегиональные территориальные округа по надзору за ядерной и радиационной безопасностью |
| МТОИЗИ | - Межрегиональный территориальный округ по информатизации и защите информации |
| НТЦ ПБ | - ФГУП "НТЦ "Промышленная безопасность" |
| НТЦ ЯРБ | - Научно-технический центр по ядерной и радиационной безопасности |