| N N | Управление, отдел | Должность |
| 1. | Административное управление | Начальник управления |
| Общий отдел | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Отдел по взаимодействию со СМИ и связями с общественностью | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Отдел по работе с обращениями граждан и контроля за исполнением | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Отдел информационных технологий и информационных ресурсов | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Отдел секретариата и протокола | Заместитель начальника управления - начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Советник |
| Административно-хозяйственный отдел | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Советник |
| Главный специалист-эксперт |
| Ведущий специалист-эксперт |
| Отдел кадровой политики | Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| 2. | Планово-финансовое управление | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Начальник отдела |
| 3. | Управление материально-технического обеспечения | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Начальник отдела |
| 4. | Управление надзора и контроля в сфере обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Консультант |
| Главный специалист-эксперт |
| Ведущий специалист-эксперт |
| Специалист-эксперт |
| 5. | Управление организации научных исследований | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Начальник отдела |
| 6. | Управление правового обеспечения и государственной службы | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| 7. | Управление капитального строительства и имущественных отношений | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Консультант |
| Главный специалист-эксперт |
| Ведущий специалист-эксперт |
| Специалист-эксперт |
| 8. | Управление организации медицинской помощи | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| 9. | Управление организации службы крови | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| 10. | Управление медико-социальной экспертизы и социальной поддержки населения | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| Консультант |
| Главный специалист-эксперт |
| Ведущий специалист-эксперт |
| Специалист-эксперт |
| 11. | Управление организации спортивной медицины | Начальник управления |
| Заместитель начальника управления |
| Начальник отдела |
| Заместитель начальника отдела |
| 12. | Территориальные органы ФМБА России | Руководитель |
| Заместитель руководителя |
| Начальник отдела |