| I группа | |
| 1. Filoviridae: | |
| вирусы Марбург и Эбола | - геморрагических лихорадок |
| 2. Arenaviridae: | |
| вирусы Ласса, Хунин, Мачупо, | - геморрагических лихорадок |
| Себиа, Гуанарито | |
| 3. Poxviridae: | |
| Род Ortopoxvirine | |
| вирус натуральной оспы (Variola) | - натуральной оспы человека |
| вирус оспы обезьян (Monkeypox) | - оспы обезьян |
| 4. Herpesviridae: | |
| обезьяний вирус B | - хронического энцефалита и энцефалопатии |
| II группа | |
| 1. Togaviridae: | |
| вирусы лошадиных энцефаломиелитов (Венесуэльский ВНЭЛ, Восточный ВЭЛ, Западный ЗЭЛ) | - комариных энцефалитов, энцефаломиелитов, энцефаломенингитов |
| вирусы лихорадок Семлики, Бибару, Эвергладес, Чикунгунья, О'Ньонг-Ньонг, Карельской, Синдбис, реки Росс, Майяро, Мукамбо, Сагиума | - лихорадочных заболеваний |
| 2. Flaviviridae: | |
| вирусы комплекса клещевого энцефалита (КЭ), Алма-Арасан, Апои, Лангат, Негиши, Повассан, Шотландского энцефаломиелита овец | - энцефалитов, энцефаломиелитов |
| Болезни леса Киассанур, Омской геморрагической лихорадки (ОГЛ) | - геморрагических лихорадок |
| вирусы комплекса японского энцефалита (ЯЭ), Западного Нила, Ильеус, Росио, Сент-Луис (энцефалиты), Усуту (энцефалит), долины Муррея, Карши, Кунжин, Сепик, Вессельсборн | - энцефалитов, менингоэнцефалитов |
| Зика, Риобраво, Денге, Сокулук | - лихорадочных заболеваний |
| Желтой лихорадки | - геморрагической лихорадки |
| Вирус гепатита C | - парентерального гепатита, гепатоцеллюлярной карциномы печени |
| 3. Bunyaviridae, | |
| Род Bunyavirus: | |
| Комплекс Калифорнийского энцефалита, Ла Кросс, Джеймстаун-каньон, зайцев-беляков, Инко, Тягиня | - энцефалитов, энцефаломиелитов, менингоэнцефалитов и лихорадочных заболеваний с менингеальным синдромом и артритами |
| комплекс C-вирусы Апеу, Мадрид, Орибока, Осса, Рестан и др. | - лихорадочных заболеваний с миозитами и артритами |
| Род Phlebovirus: | |
| вирусы москитных лихорадок Сицилии, Неаполя, Рифт-валли, Тоскана и др. | - энцефалитов и лихорадочных заболеваний с артритами и миозитами |
| Род Nairovirus: | |
| вирус Крымской геморрагической лихорадки-Конго; | - геморрагической лихорадки |
| болезни овец Найроби, Ганджам; | - лихорадки с менингеальным синдромом |
| Дугбе | - энцефалита |
| Род Hantavirus: | |
| вирусы Хантаан, Сеул, Пуумала, Чили, Аидо и др. | - геморрагических лихорадок с почечным синдромом (ГЛПС) и с легочным синдромом |
| 4. Reoviridae, | |
| Род Orbivirus: | |
| вирусы Кемерово, колорадской клещевой лихорадки, Синего языка овец, Чангвинола, Орунго и др. | - лихорадок с менингеальным синдромом и артритами |
| 5. Rhabdoviridae, | |
| Род Lyssavirus: | |
| вирус уличного бешенства | - бешенства |
| Дикования, Лагос-бат | - псевдобешенства и энцефалопатий |
| 6. Picornaviridae, | |
| Род Aphtovirus: | |
| вирус ящура | - ящура |
| 7. Arenaviridae: | |
| вирусы лимфоцитарного хориоменингита, Такарибе, Пичинде | - астенических менингитов и менингоэнцефалитов |
| 8. Hepadnaviridae: | |
| вирусы гепатита B | - парентеральных гепатитов |
| 9. Retroviridae: | |
| вирусы иммунодефицита человека (ВИЧ-1, ВИЧ-2) | - СПИДа |
| вирус Т-клеточного лейкоза человека (HTLV) | - Т-клеточного лейкоза человека |
| 10. Nodaviridae: | |
| вирусы гепатитов D (дельта) и E | - инфекционных гепатитов |
| 11. Coronaviridae: | |
| вирус SARS | - ТОРС |
| 12. Unconventional agents: | |
| Возбудители медленных нейроинфекций = подострых губчатых энцефалопатий (Prion Diseases) | |
| Куру | - подострой энцефалопатии |
| Агент CJD-возбудитель болезни Крейцфельда-Якоба | - болезни Крейцфельда-Якоба, синдрома Герстманна-Страусслера |
| Возбудитель трансмиссивной губчатой энцефалопатии человека | - амиотрофического лейкоспонгиоза (Белоруссия) |
| Возбудитель оливопонтоцеребеллярной атрофии человека | - оливопонтоцеребеллярной атрофии I типа (Якутия, Восточная Сибирь) |
| Скрепи | - подострой энцефалопатии овец и коз |
| Возбудитель энцефалопатии норок | - трансмиссивной энцефалопатии норок |
| Хроническая изнуряющая болезнь копытных | - болезни хронической усталости оленей и лосей в неволе |
| Возбудитель губчатой энцефалопатии крупного рогатого скота | - "коровьего бешенства" |
| III группа | |
| 1. Orthomyxoviridae: | |
| вирусы гриппа A, B и C | - гриппа |
| 2. Picornaviridae, | |
| Род Enterovirus: | |
| вирусы полиомиелита - дикие штаммы | - полиомиелита |
| вирусы гепатитов A и E | - энтеральных гепатитов |
| вирус острого геморрагического конъюнктивита (АНС) | - геморрагического конъюнктивита |
| 3. Herpesviridae: | |
| вирусы простого герпеса I и II типов | - герпеса простого |
| герпесвирус зостор-ветрянки | - ветряной оспы, опоясывающего герпетического лишая |
| вирус герпеса 6 типа (HBLv- HHv6) | - поражение B-лимфоцитов человека, родовой экзантемы, лимфопролиферативных заболеваний |
| вирус цитомегалии | - цитомегалии |
| вирус Эпштейн-Барра | - инфекционного мононуклеоза, лимфомы Беркитта, назофарингиальной карциномы |
| IV группа | |
| 1. Adenoviridae: | |
| аденовирусы всех типов | - ОРВИ, пневмоний, конъюнктивитов |
| 2. Reoviridae, | |
| Род Reovirus: | |
| реовирусы человека | - ринитов, гастроэнтеритов |
| Род Rotavirus: | |
| ротавирусы человека, вирус диареи телят Небраски (NCDV) | - гастроэнтеритов и энтеритов |
| 3. Coronaviridae: | |
| коронавирусы человека | - ОРВИ (профузного насморка без температуры), энтериты |
| 4. Caliciviridae: | |
| вирус Норфолк | - острых гастроэнтеритов |
| 5. Picornaviridae | |
| Род Enterovirus | |
| вирусы Коксаки группы A и B | - серозных менингитов, энцефаломиокардитов, ОРВИ, болезни Борнхольма, герпангин, полиневритов |
| вирусы ECHO | - серозных менингитов, диареи, ОРВИ, полиневритов, увеитов |
| энтеровирусы - типы 68 - 71 | - серозных менингитов, конъюнктивитов, ОРВИ |
| Род Rinovirus: | |
| риновирусы человека 130 типов | - ОРВИ, полиневритов, герпангин, конъюнктивитов |
| Род Cardiovirus: | |
| вирус энцефаломиокардита и вирус Менго | - ОРВИ, полиневритов, энцефаломиокардитов, миокардитов, перикардитов |
| 6. Paramyxoviridae: | |
| вирусы парагриппа человека 1 - 4 типа | - ОРВИ, бронхопневмоний |
| респираторно-синцитиальный вирус (РС-вирус) | - пневмоний, бронхитов, бронхиолитов |
| вирус эпидемического паротита | - эпидемического паротита |
| вирус кори | - кори |
| вирус Ньюкаслской болезни | - конъюнктивитов |
| 7. Togaviridae, Род Rubivirus: | |
| вирус краснухи | - краснухи |
| 8. Rhabdoviride | |
| Род Vesiculovirus: | |
| вирус везикулярного стоматита | - везикулярного стоматита |
| 9. Poxviridae: вирус оспы коров | - оспы коров |
| вирус эктромелии | - эктромелии мышей |
| вирус узелков доильщиц | - хронической болезни рук доильщиц |
| орфвирус | - контагиозного пустулярного дерматита |
| вирус контагиозного моллюска | - контагиозного моллюска кожи и слизистых |
| вирусы Тана и Яба | - болезни Яба |