| Бактерии |
| I группа |
| 1. Yersinia pestis | -чумы |
| II группа |
| 1. Bacillus anthracis | -сибирской язвы |
| 2. Brucella abortus Brucella melitensis Brucella suis | -бруцеллеза |
| 3. Francisella tularensis | -туляремии |
| 4. Legionella pneumophila | -легионеллеза |
| 5. Pseudomonas mallei | -сапа |
| 6. Pseudomonas pseudomallei | -мелиоидоза |
| 7. Vibrio cholerae 01 токсигенный | -холеры |
| 8. Vibrio cholerae non 01 токсигенный | -холеры |
| III группа |
| 1. Bordetella pertussis | -коклюша |
| 2. Borrelia recurrentis | -возвратного тифа |
| 3. Campylobacter fetys | -абсцессов, септецимий |
| 4. Campylobacter jejuni | -энтерита, холецистита, септицемий |
| 5. Clostridium botulinium | -ботулизма |
| 6. Clostridium tetаni | -столбняка |
| 7. Corynebacterium diphtheriae | -дифтерии |
| 8. Erysipelothrix rhusiopathiae | -эризипелоида |
| 9. Helicobacter pylori | -гастрита, язвенной болезни желудка и 12перстной кишки |
| 10. Leptospira interrogans | -лептоспироза |
| 11. Listeria monocytogenes | -листериоза |
| 12. Mycobacterium leprae | -проказы |
| 13. Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis Mycobacterium avium | -туберкулеза |
| 14. Neisseria gonorrhoeae | -гонорреи |
| 15. Neisseria meningitidis | -менингита |
| 16. Nocardia asteroides | -нокардиоза |
| 17. Proactiaomyces israelii | -актиномикоза |
| 18. Salmonella paratyphi А | -паратифа А |
| 19. Salmonella paratyphi В | -паратифа В |
| 20. Salmonella typhi | -брюшного тифа |
| 21. Shigella spp. | -дизентерии |
| 22. Treponema pallidum | -сифилиса |
| 23. Yersinia pseudotuberculosis | -псевдотуберкулеза |
| 24. Vibrio cholerae 01 не токсигенный | -диареи |
| 25. Vibrio сhоlеrае non 01 не токсигенный | -диареи, раненых инфекций, септицемии и др. |
| IV группа |
| 1. Aerobacter aerogenes | -энтерита |
| 2. Bacillus cereus | -пищевой токсикоинфекции |
| 3. Bacteroides spp. | -абсцессов легких, бактериемий |
| 4. Borrelia spp. | -клещевого спирохетоза |
| 5. Bordetella bronchiseptica | -бронхосептикоза |
| Bordetella parapertussis | -паракоклюша |
| 6. Campylobacter spp. | -гастроэнтерита, гингивита, периодонтита |
| 7. Citrobacter spp. | -местных воспалительных процессов, пищевой токсикоинфекции |
| 8. Clostridium perfriagens Clostridium novyi Clostridium septicum Clostridium histolyticum Clostridium bifermentans | -газовой гангрены |
| 9. Escherichia соli | -энтерита |
| 10. Eubacterigm endocarditidis | -септического эндокардита |
| 11. Eubacterium lentum Eubacterium ventricosum | -вторичных септицемий, абсцессов |
| 12. Flavobacterium meningosepticum | -менингита, септицемий |
| 13. Haemophilus influenzae | -менингита, пневмонии, ларингита |
| 14. Hafnia alvei | -холецистита, цистита |
| 15. Klebsiella ozaenae | -озены |
| 16. Klebsiella pneumoniae | -пневмонии |
| 17. Klebsiella rhinoscleromatis | -риносклеромы |
| 18. Mycobacterium spp. Photochromogens Scotochromogens Nonphotochromogens Rapid growers | -микобактериозов |
| 19. Mycophsma hominus 1 Mycoplasma hominis 2 Mycoplasma pneumoniae | -местных воспалительных процессов, пневмонии |
| 20. Propionibacterium avidum | -сепсиса, абсцессов |
| 21. Proteus spp. | -пищевой токсикоинфекции, сепсиса, местных воспалительных процессов |
| 22. Pseudomonas aeruginosa | -местных воспалительных процессов, сепсиса |
| 23. Salmonella spp. | -сальмонеллезов |
| 24. Serratia marcescens | -местных воспалительных процессов, сепсиса |
| 25. Staphilococcus spp. | -пищевой токсикоинфекции, септицемии, пневмонии |
| 26. Streptococcus spp. | -пневмонии, тонзиллита, полиартрита, септицемии |
| 27. Vibriо spp. Vibrio parahaemolyticus Vibrio mimicus Vibrio fluviafs Vibrio vulnilicus Vibrio alginolyticus | -диарей, пищевых токсикоинфекций, раневых инфекций, септицемий и т. д. |
| 28. Yersinia enterocolitica | -энтерита, колита |
| 29. Actinomyces albus | -актиномикоза |
| Риккетсии |
| II группа |
| 1. Rickettsia prowazeki | -эпидемического сыпного тифа и болезни Брилля |
| 2. R. typhi | -крысиного сыпного тифа |
| 3. R. rickettsii | -пятнистой лихорадки |
| 4. R. tsutsugamushi | -лихорадки цуцугамуши |
| 5. Coxiellа burnetii | -коксиеллеза (лихорадка Ку) |
| III группа |
| 1. R. sibirica | -клещевого сыпного тифа Северной Азии |
| 2. R. соnоrii | -средиземноморской пятнистой лихорадки |
| 3. R. sharoni | -израильской лихорадки |
| 4. R. sp. now? | -"астраханской лихорадки" |
| 5. R. аkari | -везикулезного риккетсиоза |
| 6. R. australis | -клещевого сыпного тифа Северного Квинсленда |
| 7. R. japonica | -японской пятнистой лихорадки |
| 8. R. sр. now? | -"африканской лихорадки" |
| 9. R. sр. now? | -"клещевого риккетсиоза Таиланда" |
| штамм "ТТТ" | |
| Эрлихии (подсемейство Ehrliehiae, сем. Rickettsiaceae) |
| III группа |
| Ehrlichia sennetsu | -болезни сеннетсу |
| Е. canis | -название отсутствует |
| Е. chaffeensis | -название отсутствует |
| Грибы |
| II группа |
| 1. Blastomyces brasiliensis Blastomyces dermatitidis | -бластомикоза |
| 2. Coccidioides immitis | -кокцидиоидоза |
| 3. Histoplasma capsulatum | -гистоплазмоза |
| III группа |
| 1. Aspergillus flavus Aspergillus fumigatus | -аспергиллеза |
| 2. Candida albicans | -кандидоза |
| 3. Cryptococcus neoformans | -кринтококкоза |
| IV группа |
| 1. Absidia corymbifera | -мукороза |
| 2. Aspergillus niger Aspergillus nidulans | -аспергиллеза |
| 3. Candida brumptii Candida crusei Candida intermedia Candidа pseudotropicalis Candidа tropicalis Candida guillermondii | -кандидоза |
| 4. Cephalosporium acremonium Cephalosporium cinnabarium | -цефалоспориоза |
| 5. Epidermophyton floccosum | -эпидермофитии |
| 6. Geotrichum candidum | -геотрихоза |
| 7. Microsporum spp. | -микроспории |
| 8. Mucor mucedo | -мукороза |
| 9. Penicillium crustosum Penicillium luteo-viride Penicillium notatum | -пенициллиоза |
| 10. Pityrosporum orbicularе | -разноцветного лишая |
| 11. Rhizopus nigricans | -мукороза |
| 12. Trichophyton spp. | -черепитчатого микоза |
| 13. Trichosporon cerebriforme | -узловатой трихоспории |
| Простейшие |
| III группа |
| 1. Leishmania donovani | -висцерального лейшманиоза |
| 2. Plasmodium vivax Plasmodium malariae Plasmodium falciparum | -малярии |
| 3. Trichomonas vaginalis | -мочеполового трихомонадоза |
| IV группа |
| 1. Acanthamoeba culbertsoni Acanthamoeba spp. | -менингоэнцефалита |
| 2. Babesia caucasica | -бабезиоза |
| 3. Balantidium соli | -балантидиоза |
| 4. Entamoeba hystolytica | -амебиаза |
| 5. Isospora belli Lamblia intestinalis | -энтерита |
| 6. Naegleria spp. | -менингоэнцефалита |
| 7. Pentatrichomonas hominis | -колита |
| 8. Leishmania major Leishmania tropica | -кожного лейшманиоза |
| 9. Toxoplasma gondii | -токеоплазмоза |
| Вирусы (в связи с отсутствием биноминальной номенклатуры для вирусов обозначении даются в русской транскрипции.) |
| I группа |
| 1. Filoviridae: вирусы Марбург и Эбола | -геморрагических лихорадок |
| 2. Arenaviridae: вирусы Ласса, Хунин и Мачупо | -геморрагических лихорадок |
| 3. Poxviridae: вирус натуральной оспы | -натуральной оспы человека |
| 4. Herpesviridae: обезьяний вирус В | -хронического энцефалита и энцефалопатии |
| II группа |
| 1. Togaviridae: вирусы лошадиных энцефалоелитов (Венесуэльский ВНЭЛ, Восточный ВЭЛ, Западный ЗЭЛ); | -комариных энцефалитов, энцефаломиелитов, энцефаломенингитов |
| вирусы лихорадок Семлики, Чикунгунья, О Ньонг-Ньонг, Карельской, Синдбис, реки Росс, Майяро, Мукамбо | -лихорадочных заболеваний |
| 2. Flaviviridae: вирусы комплекса клещевого энцефалита - Клещевого энцефалита (КЭ), Алма-Арасан, Апон, Лангат, Негиши, Повассан, Шотландского энцефаломиелита овец | -энцефалитов, энцефалоломиелитов |
| Болезни леса Киассанур, Омской геморрагической лихорадки (ОГЛ) | -геморрагических лихорадок |
| вирусы комплекса японского энцефалита (ЯЭ), Западного Нила, Ильеус, Росио, СентЛуис энцефалиты, Усуту, энцефалит долины Муррея | -энцефалитов, менингоэнцефалитов |
| Карши, Кунжин, Сепик, Вессельсборн | -лихорадочных заболеваний |
| Желтой лихорадки | -геморрагической лихорадки |
| вирус гепатита С | -парентерального гепатита, гепатоцелюлярной карциномы печени |
| 3. Bunyaviridae, Род Bunyavirus: | |
| Комплекс Калифорнийского энцефалита, Ла Кросс, Джеймстаун-каньон, зайцев-беляков, Инко, Тягиня | -энцефалитов, энцефаломиелитов, менингоэнцефалитов и лихорадочных заболеваний с менингиальным синдромом и артритами |
| комплекс С-вирусы Апеу, Мадрид, Орибока, Осса, Рестан и др. | -лихорадочных заболеваний с миозитами и артритами |
| Род Phlebovirus: вирусы москитных лихорадок Сицилии, Неаполя, Рифт-валли, Тоскана и др. | -энцефалитов и лихорадочных заболеваний с артритами и миозитами |
| Род Nairovirus вирус Крымской геморрагической лихорадки-Конго; | -геморрагической лихорадки |
| болезни овец Найроби, Ганджам; | -лихорадки с менингиальным синдромом |
| Дугбе | -энцефалита |
| Род Hantavirus: вирусы Хантаан, Сеул, Пуумала и др. | -геморрагических лихорадок с почечным синдромом (ГЛПС) |
| 4. Reoviridae, Род Orbivirus: вирусы Кемерово, Колорадской клещевой лихорадки, Синего языка овец, Чангвинола, Орунго и др. | -лихорадок с менингиальным синдромом и артритами |
| 5. Rhabdoviridae, Род Lyssavirus: вирус уличного бешенства | -бешенства |
| Дикования, Лагос-бат | -псевдобешенства и энцефалопатий |
| 6. Picornaviridae, Род Aphtovirus: вирус Ящура | -ящура |
| 7. Arenaviridae: вирусы лимфоцитарного хориоменингита, Такарибе, Пичинде | -астенических менингитов и менингоэнцефалитов |
| 8. Hepadnaviridae: вирусы гепатитов В и Д. (Дельта) | -парентеральных гепатитов |
| 9. Retroviridae: вирусы иммунодефицита человека (ВИЧ-1, ВИЧ-2) | -СПИДа |
| вирус Т-клеточного лейкоза человека (НТlv) | -Т-клеточного лейкоза человека |
| 10. Unconventional agents: возбудители медленных нейроинфекций | -болезнь КрейцфельдтаЯкоба, Куру, Скрейпи, амиотрофического лейкоспонгиоза, оливопонтоцеребральной атрофии, синдромы ГерстманнаСтраусслера-Шейнкера |
| III группа |
| 1. Orthomyxoviridae: вирусы гриппа А, В и С | -гриппа |
| 2. Picornaviridae, Род Enterovirus: вирусы полиомиелита-дикие штаммы | -полиомиелита |
| вирусы гепатитов А и Е вирус острого геморрагического | -энтеральных гепатитов |
| конъюнктивита (АНС) | -геморрагического конъюнктивита |
| 3. Herpesviridae: вирусы простого герпеса I и II типов | -герпеса простого |
| герпесвирус зостор-ветрянки | -ветряной оспы, опоясывающего герпетического лишая |
| вирус герпеса 6 типа (HBlv-ННv6) | -поражение В-лимфоцитов человека, родовой экзантемы, лимфопролиферативных заболеваний |
| вирус цитомегалии | -цитомегалии |
| вирус Эпштейн-Барра | -инфекционного мононуклеоза, лимфомы Беркитта, назофарингиальной карциномы |
| IV группа |
| 1. Adenoviridae: аденовирусы всех типов | -ОРВИ, пневмоний, конъюнктивитов |
| 2. Reoviridae, Род Reovirus: ретровирусы человека | -ринитов, гастроэнтеритов |
| Род Rotavirus: ротавирусы человека, вирус диареи телят Небраски (NCDV) | -гастроэнтеритов и энтеритов |
| 3. Picornaviridae, Род Enterovirus: | |
| вирусы Коксаки группы А и В | -серозных менингитов, энцефаломиокардитов, ОРВИ, болезни Борнхольма, герпангин, полиневритов |
| вирусы ЕСНО | -серозных менингитов, диареи, ОРВИ, полиневритов, увеитов |
| энтеровирусы - типы 68-71 | -серозных менингитов, конъюнктивитов, ОРВИ |
| Род Rinovirus риновирусы человека 120 типов | -ОРВИ, полиневритов, герпангин, конъюнктивитов |
| Род Cardiovirus: вирус энцефаломиокардита и вирус Менго | -ОРВИ, полиневритов, энцефаломиокардитов, миокардитов, перикардитов |
| 4. Coronaviridae: коронавирусы человека | -ОРВИ (профузного насморка без температуры), энтериты |
| 5. Caliciviridae: вирус Норфолк | -острых гастроэнтеритов |
| 6. Paramyxoviridae: вирусы парагриппа человека 1-4 типа | -ОРВИ, бронхопневмоний |
| респираторно-синцитиальный вирус (РС-вирус) | -пневмоний, бронхитов, бронхиолитов |
| вирус эпидемического паротита | -эпидемического паротита |
| вирус кори | -кори |
| вирус Ньюкаслской болезни | -конъюнктивитов |
| 7. Togaviridae, Род Rubivirus: вирус краснухи | -краснухи |
| 8. Rabdoviridae, Род Vesiculovirus вирус везикулярного стоматита | -везикулярного стоматита |
| 9. Poxviridae: | |
| вирус оспы коров | -оспы коров |
| вирус эктромелии | -эктромелии мышей |
| вирус узелков доильщиц | -хронической болезни рук доильщиц |
| орфвирус | -контагиозного пустулярного дерматита |
| вирус контагиозного моллюска | -контагиозного моллюска кожи и слизистых |
| вирусы Тана и Яба | -болезни Яба |
| Хламидии |
| II группа |
| 1. Chlamydia psittaci | -орнитоза-пситтакоза |
| III группа |
| 1. Chlamydia trachomatis | -трахомы, урогенитального хламидиоза |
| 2. Chlamydia paratrachomatis | -трахомоподобного конъюнктивита |
| 3. Chlamydia veneral lymphagranulema | -венерической лимфогранулемы, поражение паховых лимфатических узлов |
| Яды биологического происхождения |
| II группа |
| 1. Ботулинические токсины всех видов | |
| 2. Столбнячный токсин | |
| 3. Яд паука каракурта | |
| III группа |
| 1. Микотоксины | -микотоксикозы |
| 2. Дифтерийный токсин | |
| 3. Стрептококковый токсин группы А | |
| 4. Стафилококковые токсины | |
| 5. Яды змей (кобры, эфы, гюрзы и др.) | |