Выделить доли по материнскому капиталу можно несколькими способами:

в момент приобретения недвижимости доли выделяются сразу всем членам семьи;
доли по материнскому капиталу выделяются через обязательство, в этом случае сделка оформляется, как правило на мать (можно и на отца), а после совершения сделки и исполнения своих обязательств перед кредиторами, снимаем обременение и в течении 6 мес. родитель должен выделить доли детям и супругу.
Здесь тоже возможно два варианта:
если мать не в браке, тогда все просто - она дарит своим детям доли в простой письменной форме;
если мать в браке, тогда сложнее, в этом случае без нотариуса не обойтись, согласно современных законов, разделение супружеской доли происходит под присмотром нотариуса, таким образом, семья должна обратиться к нотариусу, а он распределяет доли между всеми членами семьи!

Кстати, выделить доли на этапе сделки выгоднее не только материально, но и это даёт преимущество в выборе размера доли, хотя процесс может быть более затянувшийся, например, если Ипотека, то придётся в опеке взять письмо-разрешение на передачу детьми в залог банку, покупаемого объекта.
Про выделяемый размер доли - в законе (п. 4 ст. 10) сказано - Жилое помещение, приобретенное с использованием средств МК, оформляется в общую собственность родителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по Соглашению.
А если решили выделять доли после сделки, то помните, что у вас возникнут доп.расходы:
обязательство о выделении долей для ПФ; нотариальное выделение долей в будущем.
Отказаться от своих долей ни кто не может, обязательство должно быть исполнено в полной мере и весь объект следует распределить между членами семьи исключение составляет наличие брачного договора между супругами.
Другой вариант: исполнить обязательство, а после желающие отказаться, также через нотариуса, дарят свои доли приоритетному родственнику (детям, супруге...)